Die Darmflora spielt bei chronisch entzündlichen Darmerkrankungen eine große Rolle, denn bei vielen Patienten ist sie aus dem Gleichgewicht geraten. Das bedeutet, dass sich die Zusammensetzung der Mikroorganismen, die den Darm bewohnen, so verändert hat, dass sie dem Patienten schadet. Ein Ansatz, um die Darmflora der Patienten wieder ins Gleichgewicht zu bringen, ist die Stuhltransplantation. Hierbei werden die Mikroorganismen aus dem Darm eines gesunden Spenders mit Hilfe von dessen Stuhl auf den Patienten übertragen.